Cốt chuyện của Way of the Samurai diễn ra vào năm 1877, sau khi Mạc phủ Tokugawa sụp đổ và bắt đầu thời kỳ Minh Trị, trong chiến tranh Tây Nam, một thời gian trước, khi các Samurai đã từng giữ những vai trò quan trọng trong xã hội Nhật Bản nhưng giờ đây họ bị đặt ra ngoài vòng pháp luật. Bắt đầu vào game, người chơi sẽ đóng vai một ronin lang thang tên là Kenji đang tới một tiền đồn hư cấu được gọi là Đèo Rokkotsu.

Đèo Rokkotsu là một ngôi làng dân cư thưa thớt, mà điểm thu hút chính bao gồm một tuyến đường sắt đi qua, một quán trọ nhỏ, và một xưởng đúc sắt. Tại đây có tất cả ba phe phái khác nhau đang cạnh tranh lẫn nhau để kiểm soát đèo, với mưu đồ của riêng mình. Đầu tiên là chính phủ trung ương mới, đã điều động quân đội tràn ngập khắp đất nước nhằm siết chặt quyền lực từ các lãnh chúa địa phương. Quân đội chính phủ với nguồn tài chính dồi dào và được trang bị vũ khí hiện đại, bao gồm cả súng ống và đại bác, khiến họ trở thành những đối thủ đáng gờm đối với các lãnh chúa cựu samurai.

Phe thứ hai là gia tộc Kurou, gia tộc từng thống trị trong Đèo Rokkotsu và tiếp tục phát huy ảnh hưởng của họ đối với người dân thông qua sự tống tiền và hăm dọa. Người lãnh đạo gia tộc là Kurou Tesshin, gia tộc này đang cố gắng chống lại nỗ lực của chính phủ nhằm kiểm soát ngọn đèo, tuy nhiên các samurai này dường như không thể đọ sức lại với quân đội hiện đại của chính phủ. Trong một nỗ lực để bảo đảm nguồn tài chính đang ngày càng eo hẹp, gia tộc Kurou có ý định bán lại xưởng đúc sắt cho chính phủ.

Quyết định của Kurou đặt cả gia tộc vào sự phản đối trực tiếp với băng Akadama, người lãnh đạo là Kitcho, là con ngoài giá thú của Kurou Tesshin. Băng Akadama muốn trục xuất lực lượng chính phủ ra khỏi đèo, và âm mưu phá hoại nỗ lực bán lại xưởng đúc sắt cho chính phủ của gia tộc Kurou.

Bị kẹp ở giữa cuộc chiến tranh giành quyền lực là những người nông dân hiền lành, chất phác trong làng, những người có khả năng bị áp bức bất chấp ai là người kiểm soát họ.[1]